Pas de différence de sens dans les trois exemples, la différence tient plutôt au registre. Sembler est soutenu alors qu’avoir l’air est utilisé à tous les registres.

Avoir l’air présente aussi la particularité de pouvoir se comprendre de deux façons, la première où air est suivi d’un attribut du sujet :

Elle n’a pas l’air contente.

La deuxième, plus rare, où air est suivi d’un adjectif épithète :

Elle n’a pas l’air content.