Y is replacing the thing/place where something isn’t missing/lacking…

If you want to replace the pronoun by its antécédent, you can say something like:

Il ne manque pas une virgule à vos écrits.

Il ne manque rien dans cet hôtel.

This pronoun is not mandatory in these sentences so you can also say:

Il ne manque pas une virgule/un iota.

Il ne manque rien.