Votre deuxième idée est la bonne. Le pronom "en" est ici utilisé à la place de "vos garanties". C’est une tournure classique où l’on commence la phrase par un pronom, pour ensuite indiquer ce à quoi le pronom réfère.

La tournure equivalente est:

Si il est fait mention de vos garanties aux conditions particulières, celles-ci s’exercent:

La signification est la même que:

Si, dans les conditions particulières, vos garanties sont mentionnées, celles-ci s’exercent:

Dans un sens strict, cela ne signifie pas

"Seules les garanties mentionnées dans les conditions particulières s’exercent dans les pays suivants." (le mot "seul" indique l’exclusivité: la phrase ainsi construite signifie donc également que toutes garanties mentionnées en dehors des conditions particulières ne s’exercent pas dans les pays suivants)

…mais plutôt…

"Si des garanties sont mentionnées dans les conditions particulières, alors ces garanties s’exercent dans les pays suivants:"