Désolé de ne pas y avoir été présent.

Il existe trois façons de placer les mots de cette combinaison; on voit à partir d’un ngram que « de n’y avoir pas été » et « de ne pas y avoir été » sont courantes et que « de n’y pas avoir été » est rare.

Il ne faut cependant pas déduire à partir d’une fréquence d’utilisation qu’une forme donnée est idéale parce que c’est la plus utilisée, ce n’est pas nécessairement faire justice à une forme; cela peut être le cas mais il n’y a pas de règle. Ce que l’on appelle le langage recherché est évidemment utilisé par beaucoup moins de monde mais cela n’en fait pas un langage inférieur, c’est tout le contraire; le langage recherché est un idéal vers lequel un utilisateur averti cherche toujours à tendre. Il ne faut pas non plus tomber dans l’erreur que « rare » signifie « recherché ».

Dans le cas présent des trois possibilités existantes, je ne vois pas pourquoi utiliser l’une plutôt que l’autre : toutes sont correctes. C’est pour cela que bien qu’au début il faille se laisser guider par le gout général, petit à petit il faut s’en remettre à son gout personnel, qui ne peut que se développer, et faire ses propres choix lorsque l’on peut reconnaitre qu’il s’agit de gout personnel.

Pour finir, disons que si « Désolé de n’y pas avoir été présent. » vous plait, il n’y a aucune raison de laisser qui que ce soit vous imposer autre chose.