Je pense qu’il est préférable de ne jamais ignorer un mot en milieu d’expression. Il me semble logique d’ignorer les petits mots communs (articles, notamment) en tête d’expression uniquement.

Remarquons que, si beaucoup d’entrées se rapportent à « langage », il peut être préférable de les regrouper. Par exemple :

Langage:
   naturel 18, 27, 42
   de programmation 3, 23, 73

Dans ce cas, on pourra ignorer le « de » dans le classement alphabétique.