Si Henri veut répondre négativement à la question ” Albert est-il dans sa salle de cours habituelle ?”, il dira simplement : “Non, il n’y est pas”.

Il n’est pas là.

Signifie généralement que cette personne n’est pas près de l’endroit où je me trouve.

Il n’y est pas.

Signifie que cette personne n’est pas à endroit indiqué dans la question.