« Interface chaise-clavier » est plutôt péjoratif, comme PEBKAC. Je n’ai pas d’étude académique à citer à ce sujet, mais la tendance est très marquée sur les premiers résultats sur Google, et cela correspond à mon impression personnelle.

Dans les domaines de la sécurité et de la sûreté, où l’on évalue le risque qu’un être humain nuise volontairement ou non au bon fonctionnement d’un système, on parle souvent de « composant humain » ou d’« élément humain ». L’expression « interface chaise-clavier » ne conviendrait pas dans un contexte sérieux car trop imagée, et même dans un contexte informel, elle a un côté péjoratif qui n’est pas forcément voulu (dans ces domaines, on sait que les intervenants vont faire des erreurs, et le but est d’en évaluer ou réduire les effets).