Pas tant une différence de sens qu’une différence légère d’usage. “Qu’est-ce que ça te fait?” est généralement suivi d’une condition/d’un contexte (“Qu’est-ce que ça te fait si je trompe ma femme? C’est pas de tes affaires!”), tandis que “Qu’est-ce que ça peut te faire?” est plus souvent utilisé comme phrase entière. Le sens reste toutefois le même.

Au Québec, le #1 est plus commun dans la langue parlée, mais le #2 est plus commun à l’écrit.

La première formule semble demander une réponse qui exprime un sentiment, une sensation, en retour :

Qu’est-ce que ça te fait si j’appuie là ?

La seconde semble demander une raison pour que l’action puisse déclencher un sentiment ou une sensation :

Qu’est-ce que ça peut te faire si j’enlève mes chaussures ?