Oui.
1/ Concernant vos citations :

Il n'y a qu'en <<verbe au participe présent>> que Y

est interchangeable avec

Ce n'est qu'en <<verbe au participe présent>> que Y

Les expressions Il n’y a qu’en et ce n’est qu’en expriment toutes deux la nécessité d’une action pour atteindre un but donné. Elles sont interchangeables dans ce contexte, pas forcément dans d’autres. Vous pourriez aussi utiliser :

Il faut <<verbe à l'infinitif de X>> pour <<verbe à l'infinitif de Y>>

Exemples:

Il n'y a qu'en mangeant sa soupe qu'on devient grand garçon.
Ce n'est qu'en mangeant sa soupe qu'on devient grand garçon.
Il faut manger sa soupe pour devenir un grand garçon.

2/ Concernant votre texte, un peu différent, c’est la même chose. Ouf. Sauf que dans ce cas, X n’est pas un verbe. Le verbe, c’est faire, qui est bien au participe présent. Vous pouvez donc vous référer au 1/

3/ Concernant Il n’y a qu’à cette fin que X’ et Ce n’est qu’à cette fin que X’, la construction est différente. X’ est une proposition subordonnée mais Il n’y a qu’à cette fin que et Ce n’est qu’à cette fin que restent interchangeables.

Il n'y a qu'à cette fin que je mange ma soupe.
Ce n'est qu'à cette fin que je mange ma soupe.
Il n'y a que pour devenir un grand garçon que je mange ma soupe.
Ce n'est que pour devenir un grand garçon que je mange ma soupe.

beurk.