On arrête pas de lui dire que …, mais ça rentre pas.

is perfectly idiomatic, albeit colloquial.

As to what it does not penetrate, here are some directions:

• ça rentre pas dans sa caboche

• impossible de lui rentrer ça dans le crâne

You can even convey the same idea with a positive phrase:

• ça rentre par une oreille et ça ressort par l’autre…