Neither means "what do you mean" (Qu’est-ce que tu veux dire ?).

The first one, "Qu’est-ce qui te fait le dire ?" can’t be but a question: "What makes you say it?"

The second one, "Ce qui te fait le dire", is a statement and is usually a part of a whole sentence like "C’est ce qui te fait le dire": "It is what makes you say it".

The register is formal/literary, although Qu’est-ce qui te le fait dire is even more.

In spoken French, you most likely hear:

Qu’est-ce qui te fait dire ça ? / Ce qui te fait dire ça