Je crois que c’est parce que le pronom relatif où se rapporte au nom village, plutôt qu’à Colombey. Comme vous le dites, la première est étrange plutôt que complètement fausse. On pourrait l’utiliser pour un effet de style.

La phrase peut être décomposée comme ça :

[Ce village] [s’appelle] [Colombay] [où le Général de Gaulle est né]

[sujet] [verbe] [complément]←[subordonnée]

La subordonnée est une sorte de "mini-phrase" dans la phrase, elle peut aussi être décomposée.

• Ici la subordonnée se rattache au complément. Normalement on peut le faire, mais où doit se rattacher à un lieu, mais ici le complément est un nom de ville, pas une ville.

Quand on dit "Je m’appelle Pierre", Pierre ne désigne un nom, pas une personne.

[J’][arrive] dans [la ville] [où le Général de Gaulle est né]

[sujet][verbe] [complément]←[subordonnée]

Cette phrase est correcte car la subordonnée se rattache bien à un lieu.

C’est la même chose pour :

[Ce village] [où le Général de Gaulle est né] [s’appelle] [Colombey]

[Sujet]←[subordonnée] [verbe] [complément]