Il me semble qu’il y a une contradiction dans les termes…

La phonétique (pour simplifier, bien sûr, je ne me prétends pas linguiste), c’est précisément se baser sur ce qu’on entend, et non sur ce qu’on lit. Quel besoin aurait-on de représenter en phonétique des lettres qui sont muettes ?

Quand une lettre écrite n’est pas prononcée, elle est simplement ignorée dans sa transcription phonétique, que tu as bien écrite :

“nous” (français)  →  /nu/ (phonétique)