Using est would have been correct but without a preceeding comma.

La chose la plus importante à faire est d’avoir une alimentation saine.

Note that both la chose and à faire do not serve much purpose in these sentences so might be removed.

Pour rester en forme, le plus important, c’est d’avoir une alimentation saine.

Pour rester en forme, le plus important est d’avoir une alimentation saine.

Les deux donnent la même information.

La version avec c’est renforce la seconde partie.

Toute phrase de ce type peut donner lieu à ce renforcement:

L’élément est l’autre élément. => L’élément, c’est l’autre élément.

Il est aussi possible de faire ce renforcement avec un COD, un COI, un CC …

Je mange une pomme. => C’est une pomme que je mange.

Il lui parle. => C’est à lui qu’il parle.

Il va à la piscine. => C’est à la piscine qu’il va.