Il s’agit ici d’un ne explétif utilisé dans une proposition comparative, il n’est pas obligatoire. Il est la plupart du temps omis à l’oral.

Grévisse :

Après plus, moins, mieux, autre, autrement, meilleur, moindre, pire,
plutôt, marquant une comparaison d’inégalité, le verbe de la seconde
proposition prend souvent ne quand la principale est affirmative.

Grévisse ajoute en note de bas de page que l’Office de la Langue française (dans le Littéraire, 29 mars 1947) en prenant l’exemple de
« Vous êtes plus grand que vous croyez » et « que vous ne croyez » que le ne marque une insistance sur le fait. Donc dans la phrase d’Hugo on pourrait dire que la présence du ne insiste encore plus sur le fait que chez mademoiselle Baptistine c’est vraiment l’âme qui compte.

Pour un lecteur du XXI^ème siècle, qui ne mettrait pas ne dans ce genre de subordonnée dans la langue parlée de tous les jours, sa présence renforce l’aspect littéraire de la langue employée par Hugo.