Les deux sont corrects grammaticalement :

Il n’y avait qu’un point d’obscur = Il n’y avait qu’un point obscur.

Il y a une petite différence de sens:

qu’un point obscur => il y a peut-être plusieurs points obscurs, je n’en vois qu’un (parmi ceux-ci).

qu’un point d’obscur => A mon sens, parmi tous les points, il n’y en a qu’un qui est obscur. Il y a une appréciation plus forte.

Cette construction nom + de + adjectif est liée à la construction ne que, et pourrait être remplacée par Il n’y avait qu’un point qui soit (ou qui reste) obscur.

Il est possible d’avoir un de « inverseur » pour marquer que le mot suivant n’a pas la fonction attendue, par exemple quand on veut introduire l’attribut et non l’épithète [A, B]. Avec il y a (ça peut varier selon le verbe), les adjectifs attributs du sujet réel peuvent être introduits par la préposition de, en particulier quand le nom sujet est accompagné d’une quantité, avec un numéral par exemple [A, B], mais ce n’est pas obligatoire [A, B]. Il y a différents usages.

Le de est obligatoire quand l’adjectif attribut précède son sujet avec le verbe construit sur le modèle ne…que ( …) [C]. Ou quand l’adjectif se rapporte à des trucs comme quelqu’un/chose/personne/rien/que(relatif ou interrogatif) etc. [D].¹

(A) Il faut qu’il y ait quelque enfant de malade (Proust, Recherche)
(B) Il y a eu cent hommes de tués (Littré, de, 6[7] (sic), et les Remarques au bas)
(C) Il n’y a d’universel que ce qui est suffisamment grossier pour l’être (Valéry, Mauvaises pens.)
(D) Il y a quelqu’un de malade.

C’est dans ce sens à mon avis qu’il faut analyser au TLFi de à II.B.3.c.α (chercher avoir une heure de libre). Comme on le voit au Littré, et tel qu’on le note au LBU (§244, note H2), certains auteurs assimilent la forme primitive à une valeur partitive (un homme de tués ; de serait assimilé à un déterminant si je comprends bien?) ; d’autres parlent de l’inverseur auquel on a fait allusion en introduction. Qu’on utilise de pour marquer une fonction particulière, un apport d’un élément essentiel du complément mais indépendant de sa nature, ou qu’on réfère à un tout, on ne saurait perdre de vue l’ensemble de la phrase dans l’exemple : un truc n’était pas clair dans la confession, de l’avis de quelqu’un. Ce n’est pas qu’il y ait une différence de sens avec ou sans la préposition ici, mais bien une différence de cohérence (on a le numéral/il y a/un adjectif attribut du sujet réel), à mon avis.

• It is not required here but may be felt as more coherent.
• No.
• Not in my opinion. Some statement or element was strange/not clear, in that confession.

_{¹ Les propos des deux paragraphes sont basés sur un survol non exhaustif des §§ 244, 1052a dans Le bon usage (Grevisse et Goosse, ed. Duculot, 14ième).}