In the past it was written
Desja. But loosing the s, the word got a é instead because of the longest pronunciation of the ‘e’ to emphasis the importance of the word.
But why a ‘à’ then ? It’s like the location or time prepositions, exactly like ‘des’ (some) and ‘dès’ ( from – this moment -) for instance. (la & là,… )

Le CNRTL commente ainsi :

Étymol. et Hist. Ca 1275 des ja « dès à présent » (J. de Meun, Rose, éd. F. Lecoy, 19189); 1465 desja « dès ce moment là (du passé) »

Composé de dès* et de l’a. fr. ja désignant un moment du présent (Passion, éd. d’Arco Avalle, 429, 430) ou du passé (ibid., 131), du lat. class. jam

Dans ces mots, dans lesquels l’a lat. s’est conservé parce qu’ils sont des proclitiques, l’accent grave a donc un rôle distinctif par rapport à un homogr. ou un rôle séparatif par rapport à un mot suiv. de la phrase (cf. Beaul. t. 2, 1927, p. 93, 95).

This accent can therefore be viewed as :

• an addition to the old desja to match the là from "dès ce moment là"
• being there as "proclitique" with the aim of separate the word from the rest of the sentence.

Without further indication, I cannot assess which one it s, but I’d be more in favour of the latter.

Edits: Littré has example of the accent being there before the contraction :

HISTORIQUE

XIIIe s.
"Fame sui, si ne me tairé, Ains voil dès jà tout reveler ; Car fame ne puet riens celer", [la Rose, 19419]

There is also a definition for jà alone littré / cntrl:
jà is defined as an adverb, like là. The accent has been used since 1762.

Le glossaire de la langue romaine also indicate an alternative spelling as jaz that can justify the addition of à when it was removed as they did with other s in other word.

This other source indicates that the academy chose in 1740 to align the usage of the words beginning with de- on existing ones like deçà.