"Of it" is not translated in some cases; in other cases it is replaced by a possessive, or sometimes by a demonstrative. In other cases yet, the pronoun can be replaced by the noun phrase that is its antecedent. The possibility of repacing it by a defining subordinate is not so rare.
What to do in which circumstances is a whole subject matter and I can’t do much better without a lengthy study than listing a few examples illustrating the correspondence.

not translated

• There is a piece of furniture near the wall opposite the door, you’ll find the box on top of it (at the bottom of it, under the shelves).
  Il y a un meuble près du mur opposé à la porte, vous trouverez la boite dessus/au dessus (au fond, sous les étagères).

• Finally, the Internet which can itself be seen as a large and complex network, has enabled us to build on top of it various kinds of networks. (ref.)
  Finalement, l’internet, qui peut lui-même être considéré comme un réseau vaste et complexe, nous a donné la possibilité de greffer dessus des réseaux de sortes variées.

• On one side, very close to them, he could see Mrs. Walker’s garden. She had placed a life-sized scarecrow in the middle of it to keep the ravenous birds away. (ref.)
  Sur un côté, très près d’eux, il pouvait voir le jardin de madame Walker. Elle avait installé un épouvantail grandeur nature au milieu pour éloigner les oiseaux voraces.

not translated or replaced by noun phrase

• His feet were not under the water but on top of it. (ref.)
  Ses pieds n’étaient pas sous l’eau mais au dessus.
  Ses pieds n’étaient pas sous l’eau mais au dessus de l’eau.

replaced by a possessive or not translated

• There is a vast field and in the middle of it there is a spring.
  Il y a un vaste champ et en son milieu se trouve une source.
  Il y a un vaste champ et au milieu se trouve une source. (same meaning)

replaced by a demonstrative

• That was all there was to eat, a repugnant mash, and the thought of it recurred to her regularly.
  C’était tout ce qu’il y avait à manger, une pâtée répugnante, et cette idée se rappelait à elle régulièrement.

replaced by a descriptive subordinate

• As each object may come and go, be forgotten and then thought of again, it is held that the thought of it has a precisely similar independence, self-identity, and mobility. (ref.)
  Comme tout object peut apparaitre et disparaitre, être oublié et puis de nouveau être le sujet de la pensée, il est admis que l’idée qu’on s’en fait a une indépendance précisément similaire, sa propre identité et une mobilité.