• Je ne crois pas vous avoir jamais / Je crois ne vous avoir jamais… +

– vus chacun de son/votre côté.

– vus autrement qu’ensemble.

A quite familiar way of saying it would be:

Vous êtes toujours fourrés ensemble. / Je vous vois toujours fourrés ensemble.

And the next sentence could be one of those:

Le mariage, c’est pour bientôt? / Il est peut être temps de penser au mariage? / Vous considérez vous marier bientôt?

Mainly depending on if you’re suggesting it should be happening or just curious about their plans.

Edit: By the way, you are correct about the use of “séparés”. Saying “Je ne vous ai jamais vu séparés.” in this context would most likely be understood as something along the lines of “I’ve never seen you two break up / taking a break from each other”

Some more suggestions:

Vous ne vous quittez plus.

Vous ne pouvez plus vous passer l’un de l’autre

On ne vous voit plus l’un sans l’autre

A teasing way to suggest a couple (or just anyone, more generally) may be up to something in the hidden might be :

Y a-t-il anguille sous roche ?

It is rather vague, but it is supposed to give a hint to your interlocutor that you want to know more.

EDIT: some more suggestions :

A subtle way to indirectly ask if there will be a wedding:

J’espère que vous m’inviterez au mariage…

Using a somewhat "old style" phrase:

Publie-t-on bientôt les bans ?

Publier les bans refers to the French legal obligation for the civil authorities to announce weddings officially by posting the list of them a couple of weeks before the due date.

Je ne crois pas vous avoir vu une seule fois l’un sans l’autre. Une nouvelle de mariage ne serait-elle pas en vue?

ou légèrement relâché mais suffisamment correct

Je ne crois pas vous avoir vu une seule fois l’un sans l’autre. Une nouvelle de mariage est en vue?

autre possibilité sans trop de mots

Vous êtes vraiment inséparables; le mariage, pour bientôt?

For your first sentence, I think there is one form of the word “séparés” that you could use to capture the notion of “never [being/having been] apart” without implying (as does “séparés,” as you accurately point out) a “relationship going[/gone] bad,” and that would be its negative form “inséparables.”

As an adjective, you could say:

[On dirait que] Vous deux êtes [vraiment] [un couple] inséparables [,comme
Philémon et Baucis/comme Laurel et Hardy/comme un faire-part et son
enveloppe] !

(see TLFi’s entry for inséparables [as an adjective pertaining to people] below, via CNRTL):

2. En fonction d’épithète ou d’attribut, sans compl. de l’adj. [En parlant de deux ou de plusieurs pers. entre elles] Qui ne peuvent se
   séparer l’une de l’autre ou les unes des autres, cesser d’être
   ensemble, se quitter.
   Deux amis inséparables; ils sont (devenus)
   inséparables. Bientôt, nous deux, nous fûmes inséparables (CENDRARS,
   Bourlinguer,1948, p. 199).

As a noun, you could say about the same thing and even get the benefit of the “Lovebirds” meaning of “inseparables” to boot:

[On dirait que] Vous êtes deux [vrais] inséparables !

(see below, from the same TLFi entry for inséparables [as a noun pertaining to people] via CNRTL):

Emploi subst. Au collège (…), dès leur huitième, il y avait eu les
trois inséparables, comme on les nommait (…). (ZOLA, Œuvres,1886, p.
34).

(and finally, from still the same TLFi entry for inséparables [as a noun extended by analogy to “lovebirds”] via CNRTL, there’s):

− P. anal., emploi subst. masc. ou fém. plur. Petites perruches
élevées par couples.

For your second sentence, I think all the other suggestions offered so far are good, although I tend to prefer @user168676 ‘s “news of a wedding/a wedding announcement perhaps being in sight/on the horizon.”

With this preference in mind for the notion of the possibility of a forthcoming wedding announcement, I think you could also consider the following variation of that notion (either with or without the parenthetical “word play”) to use in that second line:

Vous n’auriez pas un certain faire-part à envoyer (à faire partir) bientôt, par
hasard?