Comme tu t’en es rendu compte, il n’existe pas vraiment de consensus concernant les retraits de début de paragraphe. Je ne connais pas de règle officielle pour cette question, néanmoins:

• l’usage consistant à ne pas mettre d’alinéa au premier paragraphe d’une section, mais à en mettre au début des paragraphes suivants me semble généralement plutôt réservé aux textes anglais, et relativement peu employé en français (j’exclue ici l’usage des lettrines, qui n’appellent pas à une mise en retrait du texte). Le logiciel LaTeX fait d’ailleurs cette distinction (alinéa sur le premier paragraphe en anglais, mais pas en français) ;
• le Lexique des règles typographiques en usage à l’Imprimerie Nationale semble préconiser la mise en retrait de tous les paragraphes, y compris le premier (mais je n’ai pas accès à cet ouvrage et je me suis contenté de le lire ici, ce serait à vérifier). C’est la pratique que je retrouve le plus dans les livres, il me semble ;
• pour ce qui des textes publiés sur Internet, je n’ai pas réussi à retrouver de sources; il me semble toutefois que les alinéas en début de paragraphe, de même que la justification du texte, sont sujets à débats. Je crois notamment avoir lu que l’un comme l’autre étaient déconseillés pour des raisons de lisibilité.

Au final, il s’agit souvent d’un choix de la personne responsable de la mise en page du document.
En cas de doute, pour un document à imprimer (rapport, thèse, ouvrage), nul ne devrait se voir reprocher, en français, de mettre un retrait à la première ligne de chaque paragraphe.

Il suffit d’ouvrir n’importe quel livre en français (imprimé), on s’aperçoit que la plupart du temps la présentation des paragraphes ressemble à ça :

Contrairement aux traditions anglaises, il y a un retrait au début de chaque paragraphe (y compris le premier). En anglais la présentation la plus courante ressemblerait à ça :

Ces deux présentations conviennent bien aux textes traditionnels qui contiennent de longs paragraphes et la disposition compacte sans espace entre les paragraphes a permis de sauver des arbres.

Une autre solution, qui est celle employée le plus fréquemment sur le web consiste à remplacer les retraits par un espace vertical entre les paragraphes :

Pour tout document qui contient des images, diagrammes ou équations entre les lignes (par exemple, un mémoire scientifique), ou qui est susceptible de contenir des paragraphes très courts, opter pour cette dernière présentation peut être un choix judicieux.

Note : les exemples ont été crées avec luaLateX, usepackage{polyglossia}setmainlanguage{french}, usepackage{polyglossia}setmainlanguage{english}, et usepackage{parskip} pour le dernier.