Aucune de ces deux substitutions (comme ou cela ressemble) n’est correcte. On pourra au choix

• éliminer le que : ils savent ce que c’est d’avoir un père
• monter des tournures un peu plus compliquées : ils savent à quoi ça ressemble d’avoir un père, ils savent ce que ça fait d’avoir un père, etc.

“Que” est un mot redoutable en français.

1- Il peut être conjonction, introduisant une subordonnée :

a) sujet : “Il m’est indifférent qu’il ait du succès” ;

b) objet : “Je crois qu’il a du succès” ;

c) circonstanciel : “Je croyais être enfin bon, qu’il m’a dépassé” [temps] ; “Il est si fort, que je tremble devant lui” [cause] ; “Venez, que je vous félicite” [but] ; “Il en fut si ému qu’il trembla” [conséquence] ; “Que ma lettre soit appréciée, cela me surprendrait” [hypothèse].

Ou introduisant une proposition indépendante :

“Je souhaite que ce soit permis”.

Ou purement coordinative, et analogue à “comme”, “puisque”, etc..

“Il en est ainsi, que je le veuille ou non”.

Et enfin se combine avec “plus”, “moins”, “tel”, etc..

2- Il peut être adverbe, interrogatif ou exclamatif :

“Que me dites-vous là ? ou ! “

3- Il peut enfin être pronom relatif, ou pronom interrogatif ou exclamatif, représentant un sujet, objet, ou complément circonstanciel :

“Je sais ce que je veux” ; “C’est à vous que ces discours s’adressent” ; “Que seriez-vous sans lui !” ; “Que se passe-t-il ?”.

Pour répondre enfin à la question, il semble que trois tournures soient également bonnes, mais de styles différents :

“Ils savent ce que c’est, d’avoir un père”. [simple]

“Ils savent ce que c’est, que d’avoir un père”. [plus insistant]

“Ils savent ce que c’est que d’avoir un père”. [plus éloquent]