“Négliger” est un terme correct. Bizarrement, “négligence” porte une connotation plus négative, comme si elle était involontaire. Je porterais plutôt sur la première phrase.

On a aussi le mot “négligeable“, qui est assez utilisé et peu connoté. On pourrait dire “ce terme n’est pas négligeable” ou “il est discutable de dire que ce terme est négligeable“.

Éventuellement, on pourrait également utiliser le terme “ignorer“.

Négligence décrit le comportement d’un individu (nonchalance, inattention, manque de soin), ou la faute à l’origine d’un incident/accident. Il est très rare que son utilisation n’apparaisse pas dans un contexte négatif (faute).

Il n’est plus beaucoup utilisé aujourd’hui pour signifier « le fait d’avoir négligé un point précis » en dehors peut-être de négligence de style.

Pour alléger la phrase, on peut écrire:

Avoir négligé ce terme est discutable

ou mieux:

Faire abstraction de ce terme est discutable.

car faire abstraction n’a pas du tout la connotation négative que peut avoir négliger.