Comme mentionné par Personne avant moi dans les commentaires, la phrase est ici présentée comme un dialogue à soi-même, donc cette construction reste correcte.

Si Valérian s’est déjà levé, [c’est] bizarre qu’il n’ait pas arrêté la sonnerie.

La phrase est à l’indicatif parce que « Valérian s’est déjà levé » est une hypothèse présumée vraie. Cette phrase conduit à douter de l’hypothèse, mais au début de la phrase, le doute n’est pas encore là.

On pourrait aussi utiliser le conditionnel dans la proposition principale et un temps passé dans la subordonnée introduite par si.

Si Valérian s’était déjà levé, ce serait bizarre qu’il n’ait pas arrêté la sonnerie.

Le sens serait essentiellement le même, mais pas exactement. Avec le conditionnel, on conclut qu’à priori, Valérian n’est pas encore levé. Avec l’indicatif, il est encore plausible qu’il n’est pas levé et qu’il se passe quelque chose d’inhabituel.

On peut omettre « ce serait » en langage familier, mais c’est beaucoup moins naturel que d’omettre « c’est ».