La phrase sur laquelle tu bases ton raisonnement est utilisée dans un contexte incorrect. En réalité, la question associée à

Je pense à quelque chose.

est :

À quoi penses-tu ?

La question que tu as voulu y associer s’utilise dans le contexte suivant :

– Pour les vacances, je propose de partir en Espagne. Qu’en penses-tu/T’en penses quoi ? [Pourrait également s’écrire "Que penses-tu de cette idée ?"]

– Je pense que c‘est une bonne idée.

Ici, en et c‘ font tous deux référence à l’idée de partir en Espagne.

Quant à la règle précise, la voici (source + exemples complémentaires) :

Le pronom en s’utilise :

• Pour remplacer un nom introduit par de.

Vous avez envie de chocolat ? Oui, nous en avons envie.

• Pour remplacer un nom introduit par un article partitif ou un article défini.

Que pensent-il de ce film ? Ils en pensent beaucoup de bien.

Le pronom y s’utilise :

• Pour remplacer un nom introduit par a.

Est-ce que vous participez au tournoi de football dimanche ? Oui, nous y participons.

• Pour remplacer un nom de lieu.

Partez-vous en Australie cet été ? Oui, nous y partons pour deux mois.

Enfin, pour mieux retenir les différents cas de figure, voici un petit schéma trouvé ici :

En fait, il y a ici confusion entre deux constructions du verbe penser.

Penser à qqc (Sens IV.A.1-4.): ici "avoir présent à l’esprit"

Penser qqc de qqc (Sens II.A.2.b.α) "Avoir pour jugement à propos de qqc".

La question qui t’interpelle est construite avec ce second tour et interroge à propos du "qqc" complément direct. À moins que le complément indirect ne soit exprimé explicitement, il est normal (voir la réponse détaillée de reyedy) que le pronom en apparaisse.

Ce n’est pas une exception. Il y a plusieurs manières d’utiliser le verbe penser. Si on le construit sous la forme « penser à quelque chose », le pronom correspondant est « y penser ». Si on le construit sous la forme « penser quelque chose de quelque chose », les pronoms correspondants sont « en penser quoi ».

« Penser à quelque chose » signifie avoir un sujet en tête.

Je pense à mes examens. J’y pense.

« Penser à quelque chose » peut aussi vouloir dire s’en souvenir.

J’ai pensé à fermer la porte. J’y ai pensé.

« Penser quelque chose d’un sujet » signifie avoir une opinion sur le sujet. C’est le cas dans « t’en penses quoi ? ».

Que penses-tu du film que nous avons vu hier ? Qu’en penses-tu ?   (registre soutenu)
Tu penses quoi du film qu’on a vu hier ? T’en penses quoi ?   (registre familier)

Avec cette construction, il est assez rare d’avoir à la fois les deux compléments sous une forme longue. Dans la question ci-dessus, on précise « du film … » parce que sinon on ne saurait pas à quoi la question s’applique : « que/quoi » n’apporte pas assez d’information. En général, si l’opinion est exprimée, on n’a pas besoin de dire séparément à quel sujet elle s’applique.

Je pense que le scénario était intéressant, mais le film était trop long.

On n’a pas besoin de rappeler « je pense du film ». « Je pense du film qu’il était trop long » est correct, mais un peu maladroit. Si on a besoin de préciser qu’on donne son opinion sur le film, on dirait normalement « Je pense que le film était trop long ». Toutefois, dans une réponse à une question comme « que penses-tu du film », il est assez fréquent d’utiliser le pronom « en », même s’il ne change pas le sens. C’est une forme d’emphase modérée.

Je pense qu’il était trop long.
J’en pense qu’il était trop long.