Seule une poignée d’individus ….

Seul a ici le sens de seulement, et non pas de séparation.

C’est donc une poignée de … qui connaît.
Les individus sont inclus dans la poignée, et lui ‘transmettent’ la capacité de connaître.

Sinon on aurait écrit :

• Très peu d’individus connaissent…
• Les individus qui connaissent … sont une poignée.

Et là ce sont les individus qui connaissent, même s’ils sont peu nombreux.

EDIT Suite aux différents commentaires

Au § Le verbe a pour sujet un nom collectif, le verbe lié à poignée peut être au singulier ou au pluriel.

• Pris dans son sens figuré, (ce sont les individus qui connaissent) le verbe est au pluriel.

• Pris dans son sens de nombre, (c’est la poignée qui limite de qui est connu) le verbe est au singulier.

La construction spécifique de la phrase induit, sans obligation pour autant, le verbe au singulier :

Du fait de la présence de seule avant ce ‘nombre’ (qui est un nom et non une adjectif indéfini, un adverbe indéfini ou un pronom), ce n’est plus un nombre quelconque, mais ce nombre particulier (une poignée) qui détermine où est la connaissance des individus.
Seule cette poignée référence chaque individu qui connaît la vérité.

Il faut noter que dans un discours ou au théâtre, l’intonation principale sera mise sur Seule une poignée, et non sur individus.
Avec la prosodie, c’est connaît qui apporte l’écho du rythme.

Il serait intéressant de connaître le choix de l’auteur, qui aurait pu écrire avec un verbe au pluriel en utilisant seul : Seuls quelques individus connaissent.

^{N.B. : Cette construction grammaticale est savamment appelée 2.2 Syllepse selon le nombre.}

Like with all mass nouns (poignée, plupart, majorité, moitié, partie, quantité…), it can be interpreted as referring to one handful, hence singular, or as referring to several people, hence plural. Both options are correct ; there is no rule forbidding one or the other, beyond personal preference and style.

This question has a more detailed answer on the subject of mass nouns.

There are two grammatically correct possibilities that do not mean the same thing:

• (1) Seule une poignée d’individus connaît.
• (2) Seuls, une poignée d’individus connaissent.

In (1) you consider that the unit composed of the ones who know is alone, so the ones who know probably know each other. Among themselves they probably know each other knows.

In (2) you consider that each guy who knows is alone, and may not know the others know.

As you want to use “seul” as “only” and not “alone”, you must go for (1).