Ici entendre a le sens de vouloir.

Entendre vient du latin intendere qui veut dire « tendre vers », « avoir l’intention de ». D’où son sens de « vouloir » (quand on veut quelque chose, on va vers ce quelque chose)¹. Du sens de « avoir l’intention » on est passé à « comprendre ». Le Dictionnaire Historique de La langue Française (sld Alain Rey) dit qu’on est passé de comment l’entendez-vous ?, qui voulait dire au 16^e siècle : quelles sont vos intentions ?, à : quel sens donnez-vous à cela ? (c’est à dire que comprenez-vous ?).
Intendere en latin voulait aussi dire « percevoir par le sens de l’ouïe » mais « ouïr » est resté plus utilisé que « entendre » jusqu’au 17^e siècle et de nos jours « ouïr » n’est pratiquement plus utilisé.

Dans l’expression « il en est ainsi… » en est pronom personnel. Il n’a pas d’antécédent (un pronom relatif aurait un antécédent) il représente quelque chose qui n’est pas nommé dans la phrase que tu cites. En fait « il en est ainsi… » est une expression toute faite en français, c’est du langage soutenu, en langage courant on dirait « c’est ainsi ».

¹ On rapprochera ce sens de « entendre » de l’anglais intend to qui a bien sûr la même origine latine.

1- Depuis que Pierre Larousse, homme cultivé et intègre, est hélas disparu en 1875, je me garde bien de lire ceux qui exploitent son nom.

2- “Entendre” n’a aucun sens inattendu : du latin intendere, évidemment “tendre vers”, le sens dominant jusqu’à la fin de l’époque classique a bien été de “comprendre”, et je ne me souviens d’aucune citation classique où il aurait vraiment signifié “vouloir”, mais certes par extension “d’ouïr”.

3- Ce qui subsiste : “à qui veut bien entendre” signifie “qui est capable de comprendre”, sans aucune référence à sa finesse d’oreille ; “ne pas l’entendre de cette oreille” est “ne pas être d’accord” ; “entendre raison” est “devenir sage” ; “laisser entendre” est “insinuer” – sans aucune idée de bouche à oreille(s) ; voir aussi “j’entends que l’on obéisse à mes ordres”, “faites comme vous l’entendez”, “cela s’entend” est “c’est évident”, “il s’y entend en parfumerie” n’a aucun rapport avec l’audition, etc..
“S’entr’endre comme larrons en foire” est dans Corneille, et “S’entr’entendre” dans Montaigne.

4- Il n’y a pas d’antécédent dans l’exemple donné, que des sujets.

Le mot entendre vient du mot latin intendere qui signifie étymologiquement « tendre vers, se tourner vers » et de là au sens figuré « agir dans le but de », « avoir l’intention de », « viser à ». Dès le latin classique, le sens de « porter attention à » est apparu, et de là « comprendre » ainsi que « ouïr » en ancien français.

Les sens autre que « ouïr » ont essentiellement disparu en français moderne. On utilise néanmoins quelquefois entendre dans le sens de « comprendre » ou de « avoir l’intention » dans la langue soutenue. Voir l’article du Trésor de la langue française (II et III) pour des exemples.

Dans ce texte juridique (une décision de justice, je pense), le mot entendre a ici un sens précis : il signifie que l’entité qui écrit ce texte fait référence non seulement aux directives telles qu’elles sont rédigées, mais aussi à l’intention du législateur qui les a rédigées et qui est sous-jacente au texte lui-même (sens « Vouloir quelque chose, avoir l’intention bien arrêtée de » du Larousse, III.B « Avoir la ferme intention, la volonté arrêtée de faire une chose » du TLF). Il s’agit ici de directives européennes, qui n’ont pas force de règlement : elles sont destinées à être transcrites dans la législation de chaque état. Elles ne valent donc pas par leur texte littéral, mais par leur intention. Le mot est également souvent appliqué pour des textes qui ont force de loi, pour signifier l’intention du législateur.

Pour le reste, voir la réponse de Laure.