You are right, both mean "what kind of" and are interchangeable:

Tu as quoi comme voiture ? (familier)

Qu’est-ce que tu as comme voiture ? (courant)

or

Qu’est-ce qu’il cherche comme appartement ? (courant)

Il cherche quoi comme appartement ? (familier)

The reason why one expression is a bit more formal than the other is not about quoi comme vs qu’est-ce que… comme but about the construction of the sentence. Questions beginning like an affirmation (Tu as…) are less formal than questions beginning with qu’est-ce-que.

Formal: Que recherches-tu comme appartement ?

Less formal: Qu’est-ce que tu (re)cherches comme appartement ?

Informal: Tu (re)cherches quoi comme appartement ?