Beaucoup de langues connaissent une interaction semblable de la paire merci – prie.
En allemand Danke est suivi par Bitte par exemple, mais on le trouve dans d’autres langues aussi.

Pour comprendre cette convention là, il faut avoir conscience de l’interaction entière.

Une demande et sa satisfaction se déroulent comme cela :

1. prier
2. accepter
3. remercier
4. prier (← la phrase en question)

On peut voir que la phrase en question est la conclusion symétrique de l’interaction entière, faisant écho à la demande initiale.

Je traduirais donc la phrase « je vous en prie » par :

Je souhaitais, que vous me demandiez ça en premier lieu.

Aucune dette ne reste, l’interaction est conclue.

Pour moi la réponse « je vous en prie » a toujours eu le sens initial de « je vous en prie, ne me remerciez pas » (autrement dit « ne me remerciez pas s’il vous plaît »), ce qui exprime qu’on considère le service rendu comme insignifiant ou allant de soi. On répond cela, soit au premier degré parce qu’on le pense vraiment, soit en formule de politesse qui revient à le prétendre par modestie.

On retrouve la même idée dans « ce n’est rien » / « de rien », « [il n’y a] pas de quoi » ou « c’est tout naturel », d’autres possibilités équivalentes de réponse à un remerciement. Chacune de ces formulations peut être employée au premier degré ou comme formule de politesse.

De la même façon, on peut aussi répondre « je vous en prie » à :

• « pardon » / « excusez-moi », le sens initial étant alors « je vous en prie, ne vous sentez pas fautif »
• une demande de permission (par exemple « je peux utiliser votre téléphone ? »), le sens initial étant alors « je vous en prie, ne demandez pas et faites directement »
• « après vous » (où quelqu’un propose à un autre de passer devant), le sens initial étant alors « je vous en prie, ne me proposez pas »

On peut même dire « je vous en prie » pour dire à quelqu’un d’arrêter un certain comportement (« je vous en prie, ça devient gênant/pénible », ou par exemple « je vous en prie, vous parlez au premier ministre »). Dans tous les cas j’y vois à l’origine un sens commun de « je vous en prie, ne remerciez/demandez/proposez/faites pas ceci ».

Il me semble que l’expression peut aussi vouloir dire : « Il n’y a pas de quoi », dans le sens « ne vous en faite pas, cela ne me pose pas de problème. »

• Je suis désolé de cette attente.
• Je vous en prie.

Me confirmez-vous ?