Que tout le monde aille bien est plutôt une formule qu’on utiliserait pour prendre congé ou pour conclure une lettre. Elle n’est pas vraiment adaptée au début d’un e-mail, mais plutôt à sa fin, par exemple avec une salutation ou une formule de politesse. Pour une formule moins solennelle, on peut dire portez-vous bien ou prenez soin de vous.

J’espère que tout le monde va bien est tout à fait adéquat pour entamer un e-mail informel. On pourrait aussi écrire j’espère que vous vous portez tous bien.