Comme le dit le commentaire plus haut, il vaut mieux éviter de prendre des exemples d’auteurs anciens car l’usage a beaucoup changé. Le passé surcomposé est très peu utilisé actuellement. Les phrases avec le plus-que-parfait sont correctes.

Il y a une légère nuance avec le plus-que-parfait : les deux temps servent à marquer l’antériorité par rapport à une action qui est déjà au passé. Néanmoins, le passé surcomposé exprime une action terminée avant l’action principale, alors que le plus-que-parfait peut indiquer une action qui s’est prolongée au-delà.

je pense que le plus que parfait est à utiliser quand c’est la durée de l’action qui implique la conséquence. Le passé surcomposé, serait que la fin de l’action implique la conséquence, quelque chose d’instantané donc.
Bon, le plus simple est d’éviter ce genre de tournure de phrase, ça évite les problèmes!

Je suis d’accord avec ceux qui trouvent le plus-que-parfait bizarre dans ces phrases. Je ne dirais jamais :
Sitôt que j’avais acquis des notions… , j’ai remarqué….
En fait je dirais plutôt :
Dès que j’ai acquis des notions…. , j’ai remarqué…
c’est une succession de faits passés “de premier plan”. L’imparfait a pour effet de mettre l’action “acquérir des notions” au deuxième plan, or c’est le facteur déclenchant donc doit se trouver sur le même plan que l’action “remarquer”. Certes on perd la marque d’antériorité, mais celle ci est exprimée par le Dès que (ou sitôt), ce qui me suffit amplement.