Le et en ne sont pas interchangeables.

Le est un pronom personnel COD qui peut remplacer une personne, une chose masculin ou une idée précédemment citée.

• Je prends le train → je le prends.
• Je vois Pierre → je le vois.
• « Je pense qu’il va pleuvoir » « Je le pense aussi. »

En est un pronom personnel COD qui peut remplacer une chose introduite par un article partitif (du, de la, des) :

• Bois-tu du vin ? — Non, je n’en bois jamais.

Il peut aussi être COI :

• Ils n’arrêtent pas de parler de foot ! Ils n’arrêtent pas d’en parler.

Par contre si le COI est une personne en bon français on emploiera comme pronom pour le remplacer « lui », « elle » ou « eux » de préférence à en :

• Elle parle toujours de son frère → elle parle toujours de lui.

En peut aussi remplacer un lieu :

• Quand vas-tu aller à la boulangerie ? — J’en viens !

On trouve en aussi dans certaines expressions :

• s’en aller
• en avoir assez
• s’en faire

Dans ces expressions il ne remplace rien.

Pour moi l’exemple que tu cites rentre dans le cas où en remplace une chose COI :

• J’ai peur que nous soyons retard. → J’ai peur de cela / de ce fait.

C’est « de ce fait/ cela » qui est repris par en, pas directement la proposition subordonnée de la question.

Je n’ai pas sous la main mes volumes de grammaire (en particulier mon Bon usage), mais mon instinct me donne à croire que peut-être “j’en ai peur” vient du fait que “avoir peur” est normalement suivi d’un complément amené par de. Il faudrait voir si d’autre verbes qui peuvent prendre un complément avec de ou une subordonnée directe (aucun ne me vient à l’esprit sur le moment) sont dans le même cas. Mazet, je l’ai déjà dit, a par moment une analyse qui laisse un peu à désirer.

J’essaierai de revenir sur la question dès que j’aurai mes références accessibles.