Parce que l’adverbe est formé à partir du participe présent : notant + -ment → notamment. La règle générale de formation des adverbes est de partir d’un adjectif (souvent mais pas toujours un participe présent). Si l’adjectif au masculin singulier se termine par le suffixe -ant ou -ent, l’adverbe se termine par -amment ou -emment. S’il se termine par une voyelle, on ajoute -ment. Sinon (et quelquefois aussi lorsque le masculin se termine par une voyelle) on prend l’adjectif au féminin singulier et on ajoute -ment. Exemples :

• notant → notamment, bruyant → bruyamment
• apparent → apparemment, différent → différemment
• facile → facilement, absolu → absolument
• grand (m.) → grande (f.) → grandement, gai (m.) → gaie (f.) → gaiement

On remarque que lorsque l’adverbe est dérivé du féminin, il se termine par -ement avec un seul M, et se prononce [-ə.mɑ̃] avec un E muet avant la dernière syllabe (ou un E qui ne se prononce pas du tout comme dans gaiement [ge.mɑ̃]). Par contre, les adverbes dérivés d’un adjectif en -ent se terminent par -emment avec deux M, prononcé [-amɑ̃]. On ne peut pas distinguer -emment de -amment par la prononciation, pas plus que -ent de -ant.

La raison des deux M est que le premier fait partie du suffixe intermédiaire de l’adjectif (c’est un N qui se transforme en M parce qu’il est suivi d’un autre M) et le deuxième fait partie du suffixe -ment. À l’époque où l’orthographe du français s’est normalisée, on prononçait l’avant-dernière syllabe avec une voyelle nasale : notamment [no.tɑ̃.mɑ̃], apparamment [ap.pa.ʁɑ̃.mɑ̃] (ou [ap.pa.ʁɛ̃.mɑ̃] ?).

Le français étant le français, il y a des exceptions. La plupart des adjectifs en -ant ou -ent sont construits en ajoutant le suffixe -ant ou -ent à une racine, mais lent est directement la racine lent- sans suffixe. C’est pour cela que son adverbe suit la forme féminin + -ent et non racine (= masculin – -ent) + -emment. Il ne me vient pas à l’esprit d’autre exception similaire (il y a d’autres adjectifs où -ent fait partie de la racine en français, mais pas en latin, comme prudent de prudens de provideo + -ens ou innocent de innocens de in- + noceo + -ens).

Pour une histoire un peu plus détaillée (j’ai simplifié un peu dans ma réponse), voir par exemple Les suffixes -amment et -emment