Dans cette phrase, la personne elle même n’est pas d’accord avec le fait de la punir, “on ne peut pas savoir”. De plus la punition n’a pas eu lieu. On est en train de se demander s’il faut punir. Lui, se dit “il faut que je la punisse”. C’est bien, à mon avis, un subjonctif.
En fait avec comprendre, tout dépend de son interprétation.
Si c’est au sens de saisir par la pensée, se rendre compte SANS APPRÉCIATION → indicatif: “j’ai bien compris ce que vous m’avez dit”.
Si c’est au sens de saisir les motifs d’un fait connu, le trouver normal, L’ADMETTRE → subjonctif: Je comprends qu’elle l’AIT quitté (“moi pas” me dit Bernard, mais c’est autre chose 🙂
Voir https://www.etudes-litteraires.com/forum/topic4001-apres-les-verbes-admettre-comprendre-expliquer-et-supposer-indicatif-ou-subjonctif.html