Le pronom “le” prend la place d’un nom.

Dans votre cas, le pronom “le” est utilisé en tant qu’attribut et remplace le nom “accord”, ce qui signifie donc :

• Est-ce qu’elle est d’accord avec toi?
• Non, elle n’est pas d’accord mais sa mère est d’accord avec moi.

Il permet donc d’éviter la répétition.

dans

Est-ce qu’elle est d’accord avec toi ?
— Non, elle n’est pas d’accord mais sa mère l‘est.

“Le” est un pronom qui remplace “est d’accord à” et qui joue le rôle d’attribut par rapport à “elle”.

La cible de “le” -qu’on appelle “antécédent”- est une expression qui a été citée juste avant l’expression courante(celle qui contient “le”) donc elle est supposée être connue dans le contexte global d’où l’usage d’un pronom défini…

on ne peut pas utiliser “en” tout d’abord par ce que la fonction grammaticale de “être d’accord” ne le permet pas(c’est pas un C.O.I) et même si on va supposer qu’il est possible d’utiliser “en” dans cette expression,le résultat serait quelque chose du genre “j’en suis” ou “il en est” ce qui donne mal à l’oreille et n’a pas de sens :ça ne se dit pas…

Dans « être d’accord » d’accord n’est pas un nom, mais une locution adverbiale, plus proche de l’adjectif que du nom, et est un attribut. L’emploi du pronom personnel le découle de la construction être suivi d’un attribut.

Pour bien comprendre on peut faire le rapprochement avec des phrases comme :

Elle n’est pas grande mais sa mère l’est.

De même si la locution attribut contient de ou une autre préposition, c’est le qui sera utilisé :

• je suis en retard
• oh ! je le suis aussi.

Donc, le pronom personnel le, dit dans ce cas « pronom neutre », ne sert pas qu’à remplacer des noms. Outre son emploi pour remplacer un attribut, il peut aussi remplacer un groupe verbal ou une proposition objet.

Monsieur Jourdain dit de la prose depuis longtemps, sans le savoir.

Dans la phrase ci-dessus le pronom le reprend « dit de la prose ».

Cet homme est plus rusé qu’il ne le dit.

Dans la phrase ci-dessus le pronom le reprend « Cet homme est plus rusé ».

Je voudrais maintenant revenir à l’expression « être d’accord », et la question en note, pourquoi « le » et pas « en ». Question tout à fait pertinente et à laquelle je vais essayer d’apporter des éléments de réponse.

« En être d’accord » existe bel et bien, même si de nos jours « être d’accord » est plus courant. Grevisse dit qu’on peut être d’accord « de quelque chose » ou « sur quelque chose » ( ce dernier est plus fréquent de nos jours). Du moment qu’on peut dire qu’on est « d’accord de quelque chose », l’emploi du « en » pour reprendre un élément est logique grammaticalement.

Toute votre justice en est-elle d’accord ? [Corneille, Cid. V, 8]

J’en suis d’accord, il nous faut aller plus loin encore … (dans un texte oral de janvier 2014)

De nos jours cependant l’emploi de « en être d’accord » n’est pas général et semble inconnu dans certaines régions de France.

Et donc, pour reprendre ton exemple, compte tenu du fait qu’on peut dire « en être d’accord », je ne serais pas choquée d’entendre :

Est-ce qu’elle en est d’accord avec toi ?
— Non, elle n’en est pas d’accord mais sa mère en est.

Mais dans ce cas c’est « en être d’accord » qui est utilisé à chaque fois.

_{* source Dictionnaire historique de la langue française, sld Alain Rey, éditions Le Robert}