Grevisse (Le Bon Usage, §528 a)) se place fermement dans le camp de la variabilité, car le composé est dans la catégories des composés coordonnés (cf. l’étymologie aller et retour). Je crois que l’invariabilité (partielle ou complète) qui persiste chez certains auteurs est due à deux facteurs distinct:

• aller dans un usage variable est une construction relativement récente au départ, ce qui suscite toujours une certaine réaction d’opposition (la plupart des infinitifs variables sont beaucoup plus anciens ou rarement utilisés dans des constructions plurielles)
• aller-retour peut êre senti comme une ellipse de trajet ou billet aller-retour, constructions où il n’y a pas de variabilité.