Si ma mémoire est bonne (je n’ai pas sous la main mes volumes de référence et suis sur un ordinateur dont je n’ai pas l’habitude: le clavier à lui seul me cause problème), les digraphe ph et th ont été utilisés en Latin pour représenter ce qui était en Grec ancien des consonnes aspirées. La prononciation moderne est reprise du Latin (qui l’a peut-être emprunté à certains dialectes grecs de l’époque).

En ce qui concerne la réforme de l’orthographe, alors là, je ne vois pas où est la question à laquelle qui que ce soit est sensé pouvoir répondre. Je vais quand même m’avancer à noter que tout système écrit, une fois stabilisé, est fatalement sujet à une très forte tension en faveur du status quo, tension particulièrement forte dans une culture comme la française où l’orthographe est pratiquement fétichisée: je me souviens avoir lu une analyse où on notait que la réforme de l’orthographe est opposée le plus violemment par ceux qui peuvent déjà se servir de leurs connaissances durement acquises (bien que sans réelle valeur, d’une certaine manière, car l’orthographe n’est vraiment dans cette analyse qu’une barrière entre la langue et ses usagers, dixit l’italien et l’espagnol, comme tu le notes) pour gagner une forme d’ascendant sur ceux à qui l’orthographe cause problème.

On a transcrit le ϕ du grec ancien par ph en raison de sa prononciation : /pʰ/, soit une consonne occlusive bilabiale sourde aspirée. (Le p du français est une consonne occlusive bilabiale sourde simple.)

La prononciation du grec a évolué de /pʰ/ vers /f/, une consonne fricative labio-dentale sourde. (C’est le f du français.) D’un point de vue biologique, cela signifie que la position de la lèvre inférieure a évolué : au lieu d’être en contact avec la lèvre supérieure, elle est en contact avec les dents de la machoire supérieure.

En français, on a conservé une transcription proche de l’original grec, conformément aux habitudes de faire apparaître l’étymologie dans l’orthographe. En dehors de l’anglais et du français, la plupart des langues transcrites en caractères latin ont une orthographe essentiellement phonétique et ont donc naturellement adapté la graphie à la prononciation.