• Qu’as-tu fait ?
• Que n’as-tu pas fait ?

Que n’as-tu pas fait ? est une formule soutenue,
L’usage habituel (et correct) : Qu’est-ce que tu n’as pas fait ?

“Qu’as fait tu ?” is not correct. According to francaisfacile.com (emphasis mine), in questions:

1. On conjugue un verbe impérativement en plaçant le pronom sujet
   a) après le verbe aux temps simples et
   b) après l’auxiliaire aux temps composés.

So the correct phrasing is

Qu’as-tu fait ?

And the negation:

Que n’as-tu pas fait ?