En utilisant le passé composé, on parle d’un évènement court, ici l’évènement qui leur a permis de le savoir (on est donc étonné qu’ils ne l’aient su qu’hier).

En utilisant l’imparfait, on parle d’un évènement sur la durée, donc toute la période où ils ont ignoré l’information (on est donc étonné qu’ils l’aient ignoré si longtemps).

La nuance est donc subtile. Il est possible d’utiliser les deux et vous serez compris sans problème. Le contexte autour de cette phrase permettra aussi de lever le doute sur ce qui vous étonne vraiment.