Tu n’as pas franchement l’air d’être si occupée que ça…

Is “pas vraiment”, as you said => “pas tout à fait”

Here “pas” moderates “franchement”.

{vs}: Tu n’as franchement pas l’air d’être si occupée que ça…

Is “vraiment pas” => “absolument pas”

Here “franchement” emphasis “pas” (so comparable to “absolument pas”).

Surely comparable to “not truly” and “truly not”… (?)

Edit: in complement, if you want to mean “pour être honnête”, that can be:

Franchement, tu n’as pas l’air d’être si occupée que ça…”