Native speaker. Yes, you can use the expression mis à part to convey either inclusion or exlusion in French just like you do in English.

Examples of inclusion:

Mis à part le risotto, avez vous d’autres plats végétariens au menu?

Mis à part Sophie qui a déjà demandé un croissant, qui d’autre veut un croissant?

Examples of exclusion:

Mis à part le risotto qui est végétarien, tous nos plats contiennent de la viande.

Mis à part Sophie qui n’a pas faim, tous les enfants veulent un croissant.

Back to your example, Mis à part l’Allemagne, ils ont aussi visité l’Italie et l’Autriche , the word "aussi" gives it the inclusive meaning, which is usually reinforced by context:

En Allemagne ils ont vu Berlin, la Forêt Noire et le lac de Constance. Mis à part l’Allemagne, ils ont aussi visité l’Italie et l’Autriche.

Yes, mis à part or just à part are usable in both contexts.

Should you want to insist on the inclusive or exclusive status:

En plus de l’Allemagne, ils ont aussi visité l’Italie et l’Autriche

Je serai à Londres toute la semaine sauf vendredi.
À l’exclusion de vendredi, je serai à Londres toute la semaine.