L’idée c’est qu’on a déjà une bonne dose de mauvaises nouvelles, ou de situations désagréables, et qu’une dernière vient se rajouter. “ne manquait plus que ça” pour avoir toutes les pires choses possible (en gros). On ne peut pas faire pire.

Comme si c’était la dernière mauvaise chose qui peut arriver, tout le reste est (malheureusement) déjà arrivé.

Il est possible que ça soit à la base ironique, l’utilisation “normale” étant quand tout est réuni pour que ça fonctionne, le dernier élément arrive et “ah, il ne manquait plus que ça, maintenant (que c’est là) c’est parfait“. C’est la même idée, mais avec des choses négatives. (D’ailleurs c’est quasiment jamais utilisé positivement)

C’est un peu la même idée que “c’est la totale“, on a réussi à avoir toutes les pires choses possibles en même temps.