Il faut comprendre étranger dans le sens référencé ici en numéro 3:
Qui n’est pas partie prenante

Ne pas être étranger à quelque chose signifie donc "contribuer à quelque chose, y être partie prenante". Le pronom "y" peut alors remplacer ce à quelque chose.

Ici, le "y" remplace l’idée que les virus ont été découverts tardivement. On peut paraphraser par "leur taille n’est pas étrangère au fait que les virus ont été découverts tardivement".

Donc, cela signifie que leur petite taille est une des raisons pour lesquelles ils ont été découverts tardivement.