« T » dans ce contexte est une erreur : il ne peut pas s’agir du verbe « être » et c’est donc le pronom « soi » qui est utilisé.

En effet, « mais en soi je suis d’accord » n’est pas du français correct.

Précisions suggérées par un commentaire de user Reyedy :
« En quoi la phrase "Mais en soi, je suis d’accord" est-elle incorrecte ? ».

« Soi » est un pronom personnel de troisième personne.

(TLFi) I. − [Employé seul ou renforcé par même] Pronom personnel réfléchi, prédicatif, de troisième personne, sans marque de nombre ou de genre.

On voit dans les exemples ci-dessous que ce qui est représenté est un groupe nominal (pronom), ayant la fonction de sujet ou une autre fonction comme par exemple complément d’objet, mais que ce groupe n’est pas un pronom à la première personne, et un groupe nominal est à la troisième personne (caractères gras ajoutés par user LPH)

réf. 1
Cette coutume prive sa cour d’éclat et de bruit, mais en soi elle a de la grandeur.

réf. 2 Et nous voilà revenus au cliché comme vérité, pas dans l’ostentation, mais en soi.

réf. 3 Il faut également que l’instant considéré non d’une manière relative, mais en soi et dans le sens absolu, soit indivisible, et qu’il demeure indivisible dans un temps quelconque.

réf; 4 […] il régénère les êtres par sa chaleur vivifiante , il les éclaire par ses éclatantes illuminations , mais en soi il demeure pur et sans mélange .

réf. 5 La pensée, par conséquent, et la spéculation sont en déclin lorsque dépérit quelque autre chose en nous, mais en soi, c’est une réalité qui ne s’affecte pas.

réf. 6 Ce n’est plus au-dehors de soi que le poète va scruter l’étrangeté mais en soi.

Comme on ne suppose pas que « je » serait ici un élément quelconque dans une phrase donnée et qui pourrait ne pas être le représenté, par exemple

« Il n’est pas affecté dans ses réactions, mais en soi, je suis d’accord. »,

il faut évidemment considérer que « soi » est pris comme représentant le sujet « je », et c’est cela qui n’est pas correct. La forme correcte est celle-ci : « en moi-même je suis d’accord ».

You almost had it right and don’t forget the "lost in translation" fact sometimes one writes in another language what makes sense in his, since neither French nor English are my primary languages, I had trouble with that.

En soi: like you said means intrinsically, in English "in itself".

En soit: don’t forget that "soit" is the verb être (to be) conjugated in subjonctif. I give some examples:

« J’ai peur qu’il en soit ainsi » : I’m afraid it’s like that.

« Je marche un kilomètre, soit mille mètres » translated to I walk 1 kilometer which is 1000 meters.

So soit will take all meaning that verbe (to be) can handle.

En soit can’t be but a typo here. That’s not grammatical.

En soi is possible but probably not of the nicest style.

Alternatives might be:

Mais de ça, je m’en fous.

Mais pour ma part, je m’en fous.

Note also that there is another issue in the excerpt :

…des gens bizarres qu’ils me dislikent.

should be:

…des gens bizarres qui me dislikent.

En soit ne peut pas être autre chose qu’une faute de frappe ici. Ce n’est pas grammatical.

En soi est possible mais pas du style le plus heureux.

D’autres choix peuvent être :

Mais de ça, je m’en fous.

Mais pour ma part, je m’en fous.

On peut aussi noter qu’il y a un autre problème dans cet extrait :

…des gens bizarres qu’ils me dislikent.

devrait être :

…des gens bizarres qui me dislikent.