This word, with that second meaning, is very probably quite rare nowadays. It is not found in the following dictionaries.

• Larousse, Internaute, Wiktionnaire, Notretemps, Cordial, …

It is found in the TLFi, however.

B. − Au fig. Disposition peu favorable à l’égard de quelqu’un ou de quelque chose.
Je voudrais bien pourtant n’apporter point à la lecture de ces Cahiers de Barrès cette indisposition de l’esprit qui ne le laisse plus sensible qu’aux tares (Gide, Journal,1931, p. 1064).

I am not familiar with this word in that second sense; it seems that nowadays would be used to express that idea, instead, the phrase "mauvaises dispositions" or "dispositions peu favorables" and others such phrases in which "disposition is used with a negative modifying expression.

• mauvaises dispositions de qqn [à l’égard de/contre] qqn

• (also, less negative, see TLFi) Disposition peu favorable à l’égard de quelqu’un ou de quelque chose

• ref., 2006 Il s ‘ en étonna , sans penser qu’il avait été démasqué. Le soir, quand ils revinrent à leur gîte, Lancelot dit à Bohort : – Avez-vous remarqué les mauvaises dispositions du roi à mon endroit ?

• ref., 1977 Dans le contexte de Mc , il semble désigner les mauvaises dispositions à l’égard de Jésus , aussi bien des Pharisiens ( cf. 2–3,6 ; 7,113 ; 8,11-13 ) que d’Hérode ( cf. 6,14-29 ) . Les disciples risquent de partager ces mauvaises dispositions …

• ref., 1966 On cherche une occasion de reprendre l’interpellation afin d’accentuer les mauvaises dispositions de la Chambre contre le gouverneur.

For the sake of completeness, indisposition also means being unavailable mostly for health related issues but also for reasons that you or the person saying the word is not willing to disclose.