It has nothing to do with comparative sentences or not.

Ce and il are different, and designate two different things: an object for the first one and a male person for the latter.

Note that ce cannot be used as a reference to a person, just like it in English. So your example is grammatically correct, but depending on the context one option is to be used.

For your last question,

 I wonder if the juxtaposition of « ce » and « il » is allowed or not?

the answer is no.

What you are looking for is cela, or ça in short and less formal.

C’est bien plus agile que cela/ça n’en a l’air.

Short answer: yes, you can use ce in a comparative sentence, but be consistent with your pronouns.

C‘est bien plus agile qu’il n’en a l’air

is incorrect. You should rather say:

C‘est bien plus agile que ça n’en a l’air

or

Il est bien plus agile qu’il n’en a l’air

as you said

En fait, ça n’a strictement rien à voir avec le fait de comparer.

C’est en rapport avec “qui” ou “quoi”, est remplacé par “il” ou “ce”.

Il est beau.

Gustave est beau: Il est beau.
C’est une personne.

C’est beau

L’amour est beau: C‘est beau.

C’est une chose, un sentiment, non une personne.

C’est bien plus agile qu’il n’en a l’air.

Phrase incorrecte. Il faut dire:

Il est bien plus agile qu’il n’en a l’air.

Peut-être as-tu rencontré des phrases du type:

C‘est plus beau qu’il ne le croît.

Mais dans ce cas “ce” et “il” ne réfèrent pas du tout à la même chose.

Pas de raison d’utiliser une fois “il”, et une fois “ce”. “Il” n’est pas une chose.

Je pense que tu confonds avec le “il” impersonnel, qui ne se réfère pas à une chose.

Il est 3 heures. Il fait beau.

Quelques fois, dans des cas bien précis, on peut employer le “ce” alors que c’est un être vivant.

Gédéon court. Il est agile.

Le “ce” est réservé à une chose, ou équivalent.

Un lapin, c‘est agile.

Bien que le lapin ne soit pas une chose, ici c’est un cas particulier, d’une expression. C’est un peu comme si on “chosifiait” le sujet pour faire une généralité.

Un homme, c‘est fort.

Hormis ce cas, on a bien en général:

J’ai vu un petit lapin, il court dans les champs.