D’accord est une expression idiomatique synonyme de s’entendre, se concerter.

Ils se sont mis d’accord : ils ont la même opinion, ils ont les mêmes intentions.

Pour répondre à votre interrogation, on peut comprendre : on est d‘accord comme on s‘accorde bien ; mais c’est la contraction de l’expression ;

D'[un commun] accord.

When the expression être d’accord originated (early Middle-Ages) it was meant as the contraction of de. The primary meaning of accord being pacte (an agreement). But nowadays être d’accord is perceived as a lexical unit and absolutely no one will think of the d’ as a contraction.

For more on the phrase être d’accord you can have a look at this post

Il s’agit bien de la contraction de de et accord.

On dit « ils sont d’accord » de la même façon qu’on dirait « ils sont de connivence » ou « ils sont de sortie » ou « cela est de mise » ou « il est de convenance ».

It is indeed a contraction of de and accord.

A few other phrasings have the same structure as “ils sont d’accord”. For example, “ils sont de connivence” or “ils sont de sortie” or “cela est de mise” or “il est de convenance”.

Also, according to French’s elision rules, du accord isn’t a valid combination. In different circumstances, de le accord contracts to de l’accord.