Les deux phrases en français sont correctes mais n’ont pas la même signification. Tel réfère à une partie des infections alors que quel n’en détermine aucune en particulier. On pourrait remplacer Quel antibiotique sera plus efficace contre tel type d'infection par Quel antibiotique sera plus efficace contre ce/ces type d'infection. La première forme avec quel et quel me paraît donc la meilleure traduction.

It is idiomatic to say

Quel X pour quel Y

For example it would be fine to say:

Quel antibiotique pour quel type d’infection : …

It’s also possible to say something like:

Quel antibiotique fonctionne le mieux contre quel type d’infection : …

However, personally I find this second construction quite heavy; maybe too many words between the two quels?

Finally the following also works:

Tel antibiotique pour telle infection : …

…which corresponds to the English “such antibiotic for such infection”, i.e. it implicitly invokes a random example rather than a choice.