Mais pourquoi ne pourrait-on pas dire :

Qui a téléphoné, d’après Jean ?

Jean a dit que quelqu’un a[vait] téléphoné, mais qui ?

Enfin il me semble qu’on peut (à peu près toujours) ruser.

(Quant au nom du phénomène, aucune idée.)

Le déplacement des pronoms interrogatifs est lié à la théorie du mouvement syntaxique. Essentiellement, cette théorie établit que des îlots (Angl. extraction islands) existent depuis lesquels on ne peut pas extraire un élément ou, plus techniquement, que le déplacement qu- est soumis à la contraintes sur les îlots. La nature exacte de ces contraintes varie d’une langue à l’autre, mais les langues Indo-Européennes d’Europe partagent plusieurs d’entre elles.

Les relatives qui suivent certains verbes constituent clairement une catégorie d’îlots, mais je ne sais pas de quel type il s’agit ni comment on les appelle en français (si tant est qu’un tel terme existe). Peut-être est-ce ce qu’on appelle en anglais un non-bridge verb island qu’on pourrait peut-être traduire par îlot de verbe-barrière.

Pour plus de détails, il faudrait probablement chercher des ouvrages qui traitent de manière technique de l’interrogation ou des contraintes syntactiques en français.

On peut très bien dire

Qui a téléphoné [à Jean] ?

on perd certes la notion que Jean l’a dit précédemment, mais est-ce vraiment important ici ?

Grevisse n’en parle pas directement, mais en parlant de la place du mot interrogatif écrit :

L’interrogatif est en tête de phrase, même quand sa fonction est à l’intérieur d’une proposition conjonctive : QUAND dis-tu que tu partiras ? DE QUI dis-tu que tu es le fils ? Mais ces phrases sont souvent ambiguës.

Cherchant un peu, je suis tombé sur cette grammaire en ligne que je ne connaissais pas et qui a toute une section consacrée à ce qu’ils appellent l’interrogation profonde.

On y trouve cet exemple

Qui crois-tu qui a frappé ?

qui ne diffère que par le verbe de mon

Qui crois-tu qui téléphonera ?

qui ne plait pas à Stéphane. Mais il n’est pas le seul, l’auteur de la grammaire dit en effet à ce sujet « Selon Le Goffic(1993), cette construction est considérée comme normale par certains locuteurs et mal acceptée (considérée comme artificielle ou obsolète) par d’autres, plus nombreux, qui ne l’emploient jamais ». Je me retrouve dans la minorité.

Sur ce modèle, on aurait donc

Qui a dit Jean qui a téléphoné ?

qui continue à me sembler boiteux et pour deux raisons. Passer à l’infinitif et utiliser un pronom de reprise comme dans

Qui Jean a-t-il dit avoir téléphoné ?

me semble être la meilleure façon d’exprimer cette idée. Mais ne faire qu’une des transformations, comme dans

*Qui Jean a-t-il dit qui a téléphoné ?

et

*Qui a dit Jean avoir téléphoné ?

me semble à chaque fois être incorrect.