Consider fait maison (homemade)

Fait par ses propres soins, à la maison, réalisé par soi-même.

Exemple : Il goûta les deux tartes, apparemment identiques, et à l’industrielle il préféra celle faite maison, par les soins de sa femme, pourtant novice dans le domaine culinaire.

Source: http://www.linternaute.com/dictionnaire/fr/definition/fait-maison/

In Québec, we also use this expression:

Fait de mes (ses, tes) propres mains

But I think that the answer @0xFEE1DEAD gave is the best:

Fait maison

The English “from scratch” means:

From basic materials or raw ingredients (wiktionary)

The main point is the origin of the product.

When you “cook from scratch” you end with home-made food. The 2015 decree that was passed in France to redefine the new fait maison label for restaurants had to make a point that fait-maison implied using fresh & raw products, to end up the controversy that fait-maison can include frozen and already half-cooked products. There was a lobby that wanted a special label à partir de produits bruts.

Indeed for most French people fait-maison does not imply the use of fresh and raw products, if I use frozen pastry to bake a tarte I’ll still say it’s home-made (fait-maison) but a restaurant would not be allowed to do that. To add to my point is that, in spite of the decree, a lot of restaurants still feel the need to add fait maison à partir de produits bruts.*

Cooking from scratch: cuisiner à partir de produits bruts.

*_{The decree analyzed : La phrase « les plats ‘faits maison’ sont élaborés sur place à partir de produits bruts » ne figurera que sur les cartes des restaurants souhaitant mettre en avant les plats « fait maison »}.

From scratch est souvent traduit en français par « de zéro » ou « de rien », mais cette traduction ne convient pas dans tous les cas. C’est valable quand au départ il n’y a rien (zéro c’est rien, le néant). La traduction par « de zéro » convient par exemple pour rendre he built his fortune from scratch mais pas dans des expressions où on construit quelque chose à partir de matériaux existants, comme build one’s house from scratch (bâtir sa maison de toutes pièces, ou de A à Z) ou cooking from scratch.

It’s a little wordy but I would say:

• Cuisiner à partir d’aliments non-transformés.