En employant “nous”, ça rend la phrase plus formelle et polie. Pour parler aux autres, à moins que vous ne parliez pas à quelqu’un qui vous oblige d’employer ce pronom personnel, n’importe lequel irait. C’est quand vous écrivez que vous devez faire plus attention auquel vous utilisez.

EDIT : As @Laure let me know in the comments, the following is only a personal experience, and it may differ.

Most used orally : Qu’est-ce qu’on va faire ?

More formal : Qu’allons-nous faire ?

“Que va-t-on faire ?” and “Qu’est-ce que nous allons faire ?” are almost never used (in my experience), or at least sound strange to me, though they are grammatically correct.

Here is the detailed explanation in French:

Je n’entends jamais personne prononcer ces deux dernières phrases. Pour moi, la raison est que l’inversion “Que va-t-on faire” par opposition à “Qu’est-ce qu’on va faire” est plus soutenue. De même, l’utilisation du “nous” est également plus soutenue. Par conséquent, les formulations qui reviennent (pour ce que je vois) le plus souvent sont soit “Qu’est-ce qu’on va faire” pour une utilisation orale et quotidienne, ou “Qu’allons-nous faire” pour une utilisation plus soutenue et écrite. Les deux autres phrases sont une sorte de mélange de deux niveau de langage qui me paraissent très étranges. Mais gardez à l’esprit que certaines phrases peuvent différer selon les régions de France ou même selon les personnes.

There are 2 things to know:

1. “Nous” is more formal than “on”, and is mostly used on written texts (serious ones, like news papers, books…)
2. “Qu’est-ce que” is the opposite of “nous” (about style), it can’t be used on formal language, and rarely used on written texts, but will be commonly used on oral conversations.

You won’t use “qu’est-ce que” with “nous” (your sentence 2), whereas you can use “on” with a subject-verb inversion (your sentence 4). All this is a matter of style.

Your sentence 3 is the more polite (for books, newspapers etc…), sentence 1 is the more familiar (for daily conversations), and sentence 4 is between 1 and 3 (let’s say for a conversation with your boss…).